Hubo hasta conatos de huelga, con el plantel negándose a jugar en algunos fines de semana. En marzo de 2001, se colocó en el 8º puesto de la Clasificación mundial de la FIFA, su mejor posición hasta la fecha. No obstante lo anterior, el medio nacional y la Asociación Central de Fútbol (actual ANFP) siguieron reconociendo en la CORFUCH al Club Deportivo de la Universidad de Chile.
