En la temporada Campeonato Uruguayo de Fútbol 2012-13, ya con Alfredo Arias en la Dirección Técnica y con Maximiliano Rodríguez como su principal figura que finalizó con 15 anotaciones en el Campeonato Uruguayo, superado solamente por Juan Manuel Olivera que marco 18, camiseta arsenal finalizaría la temporada en la 6.ª ubicación y de esa forma logra la clasificación por primera vez en su historia a la Copa Sudamericana a disputarse el siguiente semestre.
